Package org.biojava.nbio.structure.align.client

Class JFatCatClient

  • public class JFatCatClient
extends java.lang.Object

    • Constructor Summary

      Constructors 
      Constructor Description
      JFatCatClient()  

    • Method Summary

      All Methods Static Methods Instance Methods Concrete Methods 
      Modifier and Type Method Description
      static java.lang.String convertStreamToString​(java.io.InputStream stream)  
      static AFPChain getAFPChainFromServer​(java.lang.String serverLocation, java.lang.String method, java.lang.String name1, java.lang.String name2, Atom[] ca1, Atom[] ca2, int timeout)  
      static AFPChain getAFPChainFromServer​(java.lang.String serverLocation, java.lang.String name1, java.lang.String name2, Atom[] ca1, Atom[] ca2)  
      static PdbPairsMessage getPdbPairs​(java.lang.String url, int nrPair, java.lang.String username)  
      int getPositionInQueue​(java.lang.String serverLocation, java.lang.String method, java.lang.String name1, java.lang.String name2)  
      int getPositionInQueue​(java.lang.String serverLocation, java.lang.String method, java.lang.String name1, java.lang.String name2, int timeout)  
      static int getRandomSleepTime()  
      static java.util.SortedSet<java.lang.String> getRepresentatives​(java.lang.String serverLocation, int cutoff)  
      static int getTimeout()  
      static boolean hasPrecalculatedResult​(java.lang.String serverLocation, java.lang.String method, java.lang.String name1, java.lang.String name2)  
      static boolean hasPrecalculatedResult​(java.lang.String serverLocation, java.lang.String method, java.lang.String name1, java.lang.String name2, int timeout)  
      static void main​(java.lang.String[] args)  
      static void sendAFPChainToServer​(java.lang.String serverLocation, AFPChain afpChain, Atom[] ca1, Atom[] ca2)  
      static java.lang.String sendMultiAFPChainToServer​(java.lang.String serverLocation, java.lang.String multiXML, java.lang.String username)  
      static java.lang.String sendMultiAFPChainToServer​(java.lang.String serverLocation, java.lang.String multiXML, java.lang.String username, java.lang.String version)  

      • Methods inherited from class java.lang.Object

        clone, equals, finalize, getClass, hashCode, notify, notifyAll, toString, wait, wait, wait

    • Constructor Detail

      • JFatCatClient

        public JFatCatClient()

    • Method Detail

      • main

        public static void main​(java.lang.String[] args)
                 throws java.lang.Exception
        Throws:
        java.lang.Exception

      • hasPrecalculatedResult

        public static boolean hasPrecalculatedResult​(java.lang.String serverLocation,
                                             java.lang.String method,
                                             java.lang.String name1,
                                             java.lang.String name2)

      • hasPrecalculatedResult

        public static boolean hasPrecalculatedResult​(java.lang.String serverLocation,
                                             java.lang.String method,
                                             java.lang.String name1,
                                             java.lang.String name2,
                                             int timeout)

      • getPositionInQueue

        public int getPositionInQueue​(java.lang.String serverLocation,
                              java.lang.String method,
                              java.lang.String name1,
                              java.lang.String name2)

      • getPositionInQueue

        public int getPositionInQueue​(java.lang.String serverLocation,
                              java.lang.String method,
                              java.lang.String name1,
                              java.lang.String name2,
                              int timeout)

      • getAFPChainFromServer

        public static AFPChain getAFPChainFromServer​(java.lang.String serverLocation,
                                             java.lang.String name1,
                                             java.lang.String name2,
                                             Atom[] ca1,
                                             Atom[] ca2)

      • getAFPChainFromServer

        public static AFPChain getAFPChainFromServer​(java.lang.String serverLocation,
                                             java.lang.String method,
                                             java.lang.String name1,
                                             java.lang.String name2,
                                             Atom[] ca1,
                                             Atom[] ca2,
                                             int timeout)

      • convertStreamToString

        public static java.lang.String convertStreamToString​(java.io.InputStream stream)

      • sendMultiAFPChainToServer

        public static java.lang.String sendMultiAFPChainToServer​(java.lang.String serverLocation,
                                                         java.lang.String multiXML,
                                                         java.lang.String username)
                                                  throws JobKillException
        Throws:
        JobKillException

      • sendMultiAFPChainToServer

        public static java.lang.String sendMultiAFPChainToServer​(java.lang.String serverLocation,
                                                         java.lang.String multiXML,
                                                         java.lang.String username,
                                                         java.lang.String version)
                                                  throws JobKillException
        Throws:
        JobKillException

      • getRandomSleepTime

        public static int getRandomSleepTime()

      • getTimeout

        public static final int getTimeout()

      • getRepresentatives

        public static final java.util.SortedSet<java.lang.String> getRepresentatives​(java.lang.String serverLocation,
                                                                             int cutoff)