Constant Field Values

org.snpsift.*

• org.snpsift.SnpSift
  Modifier and Type

  Constant Field

  Value

  public static final String

  BUILD

  "2025-02-16 10:39"

  public static final String

  REVISION

  "f"

  public static final String

  SOFTWARE_NAME

  "SnpSift"

  public static final String

  VERSION

  "5.2f (build 2025-02-16 10:39), by Pablo Cingolani"

  public static final String

  VERSION_MAJOR

  "5.2"

  public static final String

  VERSION_NO_NAME

  "SnpSift 5.2f (build 2025-02-16 10:39), by Pablo Cingolani"

  public static final String

  VERSION_SHORT

  "5.2f"
• org.snpsift.SnpSiftCmdAnnotate
  Modifier and Type

  Constant Field

  Value

  public static final int

  SHOW

  100
• org.snpsift.SnpSiftCmdCaseControl
  Modifier and Type

  Constant Field

  Value

  public static final int

  SHOW_EVERY

  100

  public static final String

  VCF_INFO_CASE

  "Cases"

  public static final String

  VCF_INFO_CC_ALL

  "CC_ALL"

  public static final String

  VCF_INFO_CC_DOM

  "CC_DOM"

  public static final String

  VCF_INFO_CC_GENO

  "CC_GENO"

  public static final String

  VCF_INFO_CC_REC

  "CC_REC"

  public static final String

  VCF_INFO_CC_TREND

  "CC_TREND"

  public static final String

  VCF_INFO_CONTROL

  "Controls"
• org.snpsift.SnpSiftCmdConcordance
  Modifier and Type

  Constant Field

  Value

  public static final String

  MISSING_ENTRY

  "MISSING_ENTRY"

  public static final String

  MISSING_GENOTYPE

  "MISSING_GT"

  public static final String

  SEP

  "_"

  public static final String

  SEP_GT

  "/"

  public static final int

  SHOW_EVERY

  10000
• org.snpsift.SnpSiftCmdDbNsfp
  Modifier and Type

  Constant Field

  Value

  public final String

  CONFIG_DBNSFP_DB_NAME

  "dbnsfp"

  public static final String

  DBNSFP_VCF_INFO_PREFIX

  "dbNSFP_"

  public static final String

  DEFAULT_FIELDS_NAMES_TO_ADD

  "Uniprot_acc,Interpro_domain,SIFT_pred,Polyphen2_HDIV_pred,Polyphen2_HVAR_pred,LRT_pred,MutationTaster_pred,GERP++_NR,GERP++_RS,phastCons100way_vertebrate,1000Gp1_AF,1000Gp1_AFR_AF,1000Gp1_EUR_AF,1000Gp1_AMR_AF,1000Gp1_ASN_AF,ESP6500_AA_AF,ESP6500_EA_AF,MutationTaster_pred,MutationAssessor_pred,FATHMM_pred,PROVEAN_pred,CADD_phred,MetaSVM_pred,1000Gp3_AC,1000Gp3_AF,1000Gp3_AFR_AC,1000Gp3_AFR_AF,1000Gp3_EUR_AC,1000Gp3_EUR_AF,1000Gp3_AMR_AC,1000Gp3_AMR_AF,1000Gp3_EAS_AC,1000Gp3_EAS_AF,1000Gp3_SAS_AC,1000Gp3_SAS_AF,ESP6500_AA_AC,ESP6500_AA_AF,ESP6500_EA_AC,ESP6500_EA_AF,ExAC_AC,ExAC_AF,ExAC_Adj_AC,ExAC_Adj_AF,ExAC_AFR_AC,ExAC_AFR_AF,ExAC_AMR_AC,ExAC_AMR_AF,ExAC_EAS_AC,ExAC_EAS_AF,ExAC_FIN_AC,ExAC_FIN_AF,ExAC_NFE_AC,ExAC_NFE_AF,ExAC_SAS_AC,ExAC_SAS_AF"

  public static final int

  MIN_JUMP

  100

  public static final int

  SHOW_EVERY

  100
• org.snpsift.SnpSiftCmdExtractFields
  Modifier and Type

  Constant Field

  Value

  public static final int

  SHOW

  10000
• org.snpsift.SnpSiftCmdFilter
  Modifier and Type

  Constant Field

  Value

  public static final String

  VCF_INFO_FILTER_DELETED

  "FILTER_DELETED"
• org.snpsift.SnpSiftCmdGeneSets
  Modifier and Type

  Constant Field

  Value

  public static final String

  INFO_GENE_SETS

  "MSigDb"

  public static final int

  SHOW

  10000

  public static final int

  SHOW_LINES

  1000000
• org.snpsift.SnpSiftCmdGwasCatalog
  Modifier and Type

  Constant Field

  Value

  public final String

  CONFIG_GWAS_DB_NAME

  "gwascatalog"

  public final String

  GWAS_CATALOG

  "GWASCAT"

  public static final int

  SHOW

  10000

  public static final int

  SHOW_LINES

  1000000
• org.snpsift.SnpSiftCmdPhastCons
  Modifier and Type

  Constant Field

  Value

  public static final String

  FIXED_STEP_FIELD

  "fixedStep"

  public static final int

  SHOW_EVERY

  1000

  public static final String

  START_FIELD

  "start="

  public static final String

  VCF_INFO_PHASTCONS_FIELD

  "PhastCons"
• org.snpsift.SnpSiftCmdRemoveReferenceGenotypes
  Modifier and Type

  Constant Field

  Value

  public static final int

  SHOW_EVERY

  1000

  public static final int

  SHOW_EVERY_NL

  100000
• org.snpsift.SnpSiftCmdSort
  Modifier and Type

  Constant Field

  Value

  public static final int

  SHOW

  1000

  public static final int

  SHOW_LINES

  100000
• org.snpsift.SnpSiftCmdSplit
  Modifier and Type

  Constant Field

  Value

  public static final int

  SHOW

  1000

  public static final int

  SHOW_LINES

  100000
• org.snpsift.SnpSiftCmdTsTv
  Modifier and Type

  Constant Field

  Value

  public static final int

  SHOW_EVERY

  1

  public static final int

  SHOW_EVERY_NL

  100
• org.snpsift.SnpSiftCmdVarType
  Modifier and Type

  Constant Field

  Value

  public static final int

  SHOW

  10000

  public static final int

  SHOW_LINES

  1000000

  public static final String

  VARTYPE

  "VARTYPE"

• org.snpsift.annotate.AnnotateVcfDb
  Modifier and Type

  Constant Field

  Value

  public static final int

  MAX_ERRORS

  10
• org.snpsift.annotate.DbVcfMem
  Modifier and Type

  Constant Field

  Value

  public static final int

  SHOW

  10000

  public static final int

  SHOW_LINES

  1000000
• org.snpsift.annotate.VcfIndex
  Modifier and Type

  Constant Field

  Value

  public static final String

  INDEX_EXT

  "sidx"
• org.snpsift.annotate.VcfIndexDataChromo
  Modifier and Type

  Constant Field

  Value

  public static final int

  INITIAL_CAPACITY

  1024
• org.snpsift.annotate.VcfIndexTree
  Modifier and Type

  Constant Field

  Value

  public static final int

  COLLAPSE_MAX_NUM_ENTRIES

  4

  public static final int

  DEFAULT_MAX_BLOCK_SIZE

  16384

  public static final int

  INITIAL_CAPACITY

  1024

  public static final int

  MAX_DIFF_COLLAPSE

  2

• org.snpsift.annotate.mem.Zzz
  Modifier and Type

  Constant Field

  Value

  public static final int

  CHR1_NUM_ENTRIES

  86844566

• org.snpsift.annotate.mem.arrays.EnumArray
  Modifier and Type

  Constant Field

  Value

  public static final int

  MAX_NUM_STRING_TO_SHOW

  10

  public static final int

  MAX_NUMBER_OF_ENUM_VALUES

  255
• org.snpsift.annotate.mem.arrays.StringArray
  Modifier and Type

  Constant Field

  Value

  public static final int

  MAX_NUM_STRING_TO_SHOW

  10

• org.snpsift.annotate.mem.database.VariantDatabase
  Modifier and Type

  Constant Field

  Value

  public static final String

  FIELDS_EXT

  "snpsift.db_fields"

  public static final String

  VARIANT_DATABASE_EXT

  "snpsift.vardb"

  public static final String

  VARIANT_DATAFRAME_EXT

  "snpsift.df"

• org.snpsift.annotate.mem.dataFrame.DataFrame
  Modifier and Type

  Constant Field

  Value

  public static final int

  MAX_ROWS_TO_SHOW

  100

• org.snpsift.annotate.mem.dataFrame.dataFrameColumn.DataFrameColumn<T>
  Modifier and Type

  Constant Field

  Value

  public static final int

  MAX_NUMBER_OF_ELEMENTS_TO_SHOW

  10

• org.snpsift.annotate.mem.variantTypeCounter.VariantTypeCounter
  Modifier and Type

  Constant Field

  Value

  public static final String

  ALT

  "ALT"

  public static final String

  REF

  "REF"

• org.snpsift.antlr.SnpSiftLexer
  Modifier and Type

  Constant Field

  Value

  public static final String

  _serializedATN

  "\u0003\u608b\ua72a\u8133\ub9ed\u417c\u3be7\u7786\u5964\u0002-\u012b\b\u0001\u0004\u0002\t\u0002\u0004\u0003\t\u0003\u0004\u0004\t\u0004\u0004\u0005\t\u0005\u0004\u0006\t\u0006\u0004\u0007\t\u0007\u0004\b\t\b\u0004\t\t\t\u0004\n\t\n\u0004\u000b\t\u000b\u0004\f\t\f\u0004\r\t\r\u0004\u000e\t\u000e\u0004\u000f\t\u000f\u0004\u0010\t\u0010\u0004\u0011\t\u0011\u0004\u0012\t\u0012\u0004\u0013\t\u0013\u0004\u0014\t\u0014\u0004\u0015\t\u0015\u0004\u0016\t\u0016\u0004\u0017\t\u0017\u0004\u0018\t\u0018\u0004\u0019\t\u0019\u0004\u001a\t\u001a\u0004\u001b\t\u001b\u0004\u001c\t\u001c\u0004\u001d\t\u001d\u0004\u001e\t\u001e\u0004\u001f\t\u001f\u0004 \t \u0004!\t!\u0004\"\t\"\u0004#\t#\u0004$\t$\u0004%\t%\u0004&\t&\u0004\'\t\'\u0004(\t(\u0004)\t)\u0004*\t*\u0004+\t+\u0004,\t,\u0004-\t-\u0004.\t.\u0004/\t/\u00040\t0\u00041\t1\u00042\t2\u00043\t3\u0003\u0002\u0003\u0002\u0003\u0002\u0003\u0002\u0003\u0003\u0003\u0003\u0003\u0004\u0003\u0004\u0003\u0004\u0003\u0004\u0003\u0005\u0003\u0005\u0003\u0006\u0003\u0006\u0003\u0007\u0003\u0007\u0003\b\u0003\b\u0003\t\u0003\t\u0003\n\u0003\n\u0003\u000b\u0003\u000b\u0003\u000b\u0003\f\u0003\f\u0003\r\u0003\r\u0003\u000e\u0003\u000e\u0003\u000f\u0003\u000f\u0003\u0010\u0003\u0010\u0003\u0011\u0003\u0011\u0003\u0011\u0003\u0012\u0003\u0012\u0003\u0012\u0003\u0013\u0003\u0013\u0003\u0014\u0003\u0014\u0003\u0014\u0003\u0015\u0003\u0015\u0003\u0016\u0003\u0016\u0003\u0016\u0003\u0017\u0003\u0017\u0003\u0017\u0003\u0018\u0003\u0018\u0003\u0018\u0003\u0019\u0003\u0019\u0003\u0019\u0003\u0019\u0003\u001a\u0003\u001a\u0003\u001b\u0003\u001b\u0003\u001c\u0003\u001c\u0003\u001c\u0003\u001d\u0003\u001d\u0003\u001e\u0003\u001e\u0003\u001e\u0003\u001f\u0003\u001f\u0003 \u0003 \u0003 \u0003 \u0003 \u0003 \u0003 \u0003!\u0003!\u0003!\u0003\"\u0003\"\u0003\"\u0003#\u0003#\u0003#\u0003#\u0003$\u0003$\u0003%\u0003%\u0003&\u0006&\u00c9\n&\r&\u000e&\u00ca\u0003\'\u0003\'\u0005\'\u00cf\n\'\u0003(\u0003(\u0003)\u0003)\u0003*\u0006*\u00d6\n*\r*\u000e*\u00d7\u0003+\u0003+\u0005+\u00dc\n+\u0003,\u0006,\u00df\n,\r,\u000e,\u00e0\u0003,\u0003,\u0003-\u0003-\u0003-\u0003-\u0007-\u00e9\n-\f-\u000e-\u00ec\u000b-\u0003-\u0003-\u0003-\u0003.\u0003.\u0007.\u00f3\n.\f.\u000e.\u00f6\u000b.\u0003.\u0003.\u0003.\u0003/\u0003/\u0003/\u0003/\u0003/\u0003/\u0003/\u0003/\u0003/\u0005/\u0104\n/\u00030\u00030\u00031\u00031\u00031\u00051\u010b\n1\u00031\u00031\u00051\u010f\n1\u00031\u00051\u0112\n1\u00031\u00031\u00031\u00031\u00031\u00031\u00051\u011a\n1\u00032\u00032\u00072\u011e\n2\f2\u000e2\u0121\u000b2\u00032\u00032\u00032\u00033\u00033\u00063\u0128\n3\r3\u000e3\u0129\u0002\u00024\u0003\u0003\u0005\u0004\u0007\u0005\t\u0006\u000b\u0007\r\b\u000f\t\u0011\n\u0013\u000b\u0015\f\u0017\r\u0019\u000e\u001b\u000f\u001d\u0010\u001f\u0011!\u0012#\u0013%\u0014\'\u0015)\u0016+\u0017-\u0018/\u00191\u001a3\u001b5\u001c7\u001d9\u001e;\u001f= ?!A\"C#E$G%I\u0002K\u0002M\u0002O\u0002Q\u0002S\u0002U\u0002W&Y\'[(])_*a+c,e-\u0003\u0002\b\u0004\u0002\f\f\u000f\u000f\u0005\u0002\u000b\f\u000f\u000f\"\"\u0004\u0002GGgg\u0004\u0002--//\u0005\u0002\f\f\u000f\u000f))\u0004\u000200aa\u0002\u0133\u0002\u0003\u0003\u0002\u0002\u0002\u0002\u0005\u0003\u0002\u0002\u0002\u0002\u0007\u0003\u0002\u0002\u0002\u0002\t\u0003\u0002\u0002\u0002\u0002\u000b\u0003\u0002\u0002\u0002\u0002\r\u0003\u0002\u0002\u0002\u0002\u000f\u0003\u0002\u0002\u0002\u0002\u0011\u0003\u0002\u0002\u0002\u0002\u0013\u0003\u0002\u0002\u0002\u0002\u0015\u0003\u0002\u0002\u0002\u0002\u0017\u0003\u0002\u0002\u0002\u0002\u0019\u0003\u0002\u0002\u0002\u0002\u001b\u0003\u0002\u0002\u0002\u0002\u001d\u0003\u0002\u0002\u0002\u0002\u001f\u0003\u0002\u0002\u0002\u0002!\u0003\u0002\u0002\u0002\u0002#\u0003\u0002\u0002\u0002\u0002%\u0003\u0002\u0002\u0002\u0002\'\u0003\u0002\u0002\u0002\u0002)\u0003\u0002\u0002\u0002\u0002+\u0003\u0002\u0002\u0002\u0002-\u0003\u0002\u0002\u0002\u0002/\u0003\u0002\u0002\u0002\u00021\u0003\u0002\u0002\u0002\u00023\u0003\u0002\u0002\u0002\u00025\u0003\u0002\u0002\u0002\u00027\u0003\u0002\u0002\u0002\u00029\u0003\u0002\u0002\u0002\u0002;\u0003\u0002\u0002\u0002\u0002=\u0003\u0002\u0002\u0002\u0002?\u0003\u0002\u0002\u0002\u0002A\u0003\u0002\u0002\u0002\u0002C\u0003\u0002\u0002\u0002\u0002E\u0003\u0002\u0002\u0002\u0002G\u0003\u0002\u0002\u0002\u0002W\u0003\u0002\u0002\u0002\u0002Y\u0003\u0002\u0002\u0002\u0002[\u0003\u0002\u0002\u0002\u0002]\u0003\u0002\u0002\u0002\u0002_\u0003\u0002\u0002\u0002\u0002a\u0003\u0002\u0002\u0002\u0002c\u0003\u0002\u0002\u0002\u0002e\u0003\u0002\u0002\u0002\u0003g\u0003\u0002\u0002\u0002\u0005k\u0003\u0002\u0002\u0002\u0007m\u0003\u0002\u0002\u0002\tq\u0003\u0002\u0002\u0002\u000bs\u0003\u0002\u0002\u0002\ru\u0003\u0002\u0002\u0002\u000fw\u0003\u0002\u0002\u0002\u0011y\u0003\u0002\u0002\u0002\u0013{\u0003\u0002\u0002\u0002\u0015}\u0003\u0002\u0002\u0002\u0017\u0080\u0003\u0002\u0002\u0002\u0019\u0082\u0003\u0002\u0002\u0002\u001b\u0084\u0003\u0002\u0002\u0002\u001d\u0086\u0003\u0002\u0002\u0002\u001f\u0088\u0003\u0002\u0002\u0002!\u008a\u0003\u0002\u0002\u0002#\u008d\u0003\u0002\u0002\u0002%\u0090\u0003\u0002\u0002\u0002\'\u0092\u0003\u0002\u0002\u0002)\u0095\u0003\u0002\u0002\u0002+\u0097\u0003\u0002\u0002\u0002-\u009a\u0003\u0002\u0002\u0002/\u009d\u0003\u0002\u0002\u00021\u00a0\u0003\u0002\u0002\u00023\u00a4\u0003\u0002\u0002\u00025\u00a6\u0003\u0002\u0002\u00027\u00a8\u0003\u0002\u0002\u00029\u00ab\u0003\u0002\u0002\u0002;\u00ad\u0003\u0002\u0002\u0002=\u00b0\u0003\u0002\u0002\u0002?\u00b2\u0003\u0002\u0002\u0002A\u00b9\u0003\u0002\u0002\u0002C\u00bc\u0003\u0002\u0002\u0002E\u00bf\u0003\u0002\u0002\u0002G\u00c3\u0003\u0002\u0002\u0002I\u00c5\u0003\u0002\u0002\u0002K\u00c8\u0003\u0002\u0002\u0002M\u00ce\u0003\u0002\u0002\u0002O\u00d0\u0003\u0002\u0002\u0002Q\u00d2\u0003\u0002\u0002\u0002S\u00d5\u0003\u0002\u0002\u0002U\u00db\u0003\u0002\u0002\u0002W\u00de\u0003\u0002\u0002\u0002Y\u00e4\u0003\u0002\u0002\u0002[\u00f0\u0003\u0002\u0002\u0002]\u0103\u0003\u0002\u0002\u0002_\u0105\u0003\u0002\u0002\u0002a\u0119\u0003\u0002\u0002\u0002c\u011b\u0003\u0002\u0002\u0002e\u0127\u0003\u0002\u0002\u0002gh\u0007C\u0002\u0002hi\u0007P\u0002\u0002ij\u0007[\u0002\u0002j\u0004\u0003\u0002\u0002\u0002kl\u0007,\u0002\u0002l\u0006\u0003\u0002\u0002\u0002mn\u0007C\u0002\u0002no\u0007N\u0002\u0002op\u0007N\u0002\u0002p\b\u0003\u0002\u0002\u0002qr\u0007A\u0002\u0002r\n\u0003\u0002\u0002\u0002st\u0007*\u0002\u0002t\f\u0003\u0002\u0002\u0002uv\u0007.\u0002\u0002v\u000e\u0003\u0002\u0002\u0002wx\u0007+\u0002\u0002x\u0010\u0003\u0002\u0002\u0002yz\u0007]\u0002\u0002z\u0012\u0003\u0002\u0002\u0002{|\u0007_\u0002\u0002|\u0014\u0003\u0002\u0002\u0002}~\u0007_\u0002\u0002~\u007f\u00070\u0002\u0002\u007f\u0016\u0003\u0002\u0002\u0002\u0080\u0081\u00071\u0002\u0002\u0081\u0018\u0003\u0002\u0002\u0002\u0082\u0083\u0007\'\u0002\u0002\u0083\u001a\u0003\u0002\u0002\u0002\u0084\u0085\u0007-\u0002\u0002\u0085\u001c\u0003\u0002\u0002\u0002\u0086\u0087\u0007/\u0002\u0002\u0087\u001e\u0003\u0002\u0002\u0002\u0088\u0089\u0007?\u0002\u0002\u0089 \u0003\u0002\u0002\u0002\u008a\u008b\u0007?\u0002\u0002\u008b\u008c\u0007?\u0002\u0002\u008c\"\u0003\u0002\u0002\u0002\u008d\u008e\u0007#\u0002\u0002\u008e\u008f\u0007?\u0002\u0002\u008f$\u0003\u0002\u0002\u0002\u0090\u0091\u0007>\u0002\u0002\u0091&\u0003\u0002\u0002\u0002\u0092\u0093\u0007>\u0002\u0002\u0093\u0094\u0007?\u0002\u0002\u0094(\u0003\u0002\u0002\u0002\u0095\u0096\u0007@\u0002\u0002\u0096*\u0003\u0002\u0002\u0002\u0097\u0098\u0007@\u0002\u0002\u0098\u0099\u0007?\u0002\u0002\u0099,\u0003\u0002\u0002\u0002\u009a\u009b\u0007?\u0002\u0002\u009b\u009c\u0007\u0080\u0002\u0002\u009c.\u0003\u0002\u0002\u0002\u009d\u009e\u0007#\u0002\u0002\u009e\u009f\u0007\u0080\u0002\u0002\u009f0\u0003\u0002\u0002\u0002\u00a0\u00a1\u0007j\u0002\u0002\u00a1\u00a2\u0007c\u0002\u0002\u00a2\u00a3\u0007u\u0002\u0002\u00a32\u0003\u0002\u0002\u0002\u00a4\u00a5\u0007#\u0002\u0002\u00a54\u0003\u0002\u0002\u0002\u00a6\u00a7\u0007(\u0002\u0002\u00a76\u0003\u0002\u0002\u0002\u00a8\u00a9\u0007(\u0002\u0002\u00a9\u00aa\u0007(\u0002\u0002\u00aa8\u0003\u0002\u0002\u0002\u00ab\u00ac\u0007~\u0002\u0002\u00ac:\u0003\u0002\u0002\u0002\u00ad\u00ae\u0007~\u0002\u0002\u00ae\u00af\u0007~\u0002\u0002\u00af<\u0003\u0002\u0002\u0002\u00b0\u00b1\u0007`\u0002\u0002\u00b1>\u0003\u0002\u0002\u0002\u00b2\u00b3\u0007g\u0002\u0002\u00b3\u00b4\u0007z\u0002\u0002\u00b4\u00b5\u0007k\u0002\u0002\u00b5\u00b6\u0007u\u0002\u0002\u00b6\u00b7\u0007v\u0002\u0002\u00b7\u00b8\u0007u\u0002\u0002\u00b8@\u0003\u0002\u0002\u0002\u00b9\u00ba\u0007p\u0002\u0002\u00ba\u00bb\u0007c\u0002\u0002\u00bbB\u0003\u0002\u0002\u0002\u00bc\u00bd\u0007k\u0002\u0002\u00bd\u00be\u0007p\u0002\u0002\u00beD\u0003\u0002\u0002\u0002\u00bf\u00c0\u0007U\u0002\u0002\u00c0\u00c1\u0007G\u0002\u0002\u00c1\u00c2\u0007V\u0002\u0002\u00c2F\u0003\u0002\u0002\u0002\u00c3\u00c4\u0007<\u0002\u0002\u00c4H\u0003\u0002\u0002\u0002\u00c5\u00c6\u00042;\u0002\u00c6J\u0003\u0002\u0002\u0002\u00c7\u00c9\u0005I%\u0002\u00c8\u00c7\u0003\u0002\u0002\u0002\u00c9\u00ca\u0003\u0002\u0002\u0002\u00ca\u00c8\u0003\u0002\u0002\u0002\u00ca\u00cb\u0003\u0002\u0002\u0002\u00cbL\u0003\u0002\u0002\u0002\u00cc\u00cf\u0005O(\u0002\u00cd\u00cf\u0005Q)\u0002\u00ce\u00cc\u0003\u0002\u0002\u0002\u00ce\u00cd\u0003\u0002\u0002\u0002\u00cfN\u0003\u0002\u0002\u0002\u00d0\u00d1\u0004c|\u0002\u00d1P\u0003\u0002\u0002\u0002\u00d2\u00d3\u0004C\\\u0002\u00d3R\u0003\u0002\u0002\u0002\u00d4\u00d6\t\u0002\u0002\u0002\u00d5\u00d4\u0003\u0002\u0002\u0002\u00d6\u00d7\u0003\u0002\u0002\u0002\u00d7\u00d5\u0003\u0002\u0002\u0002\u00d7\u00d8\u0003\u0002\u0002\u0002\u00d8T\u0003\u0002\u0002\u0002\u00d9\u00dc\u0005M\'\u0002\u00da\u00dc\u0005I%\u0002\u00db\u00d9\u0003\u0002\u0002\u0002\u00db\u00da\u0003\u0002\u0002\u0002\u00dcV\u0003\u0002\u0002\u0002\u00dd\u00df\t\u0003\u0002\u0002\u00de\u00dd\u0003\u0002\u0002\u0002\u00df\u00e0\u0003\u0002\u0002\u0002\u00e0\u00de\u0003\u0002\u0002\u0002\u00e0\u00e1\u0003\u0002\u0002\u0002\u00e1\u00e2\u0003\u0002\u0002\u0002\u00e2\u00e3\b,\u0002\u0002\u00e3X\u0003\u0002\u0002\u0002\u00e4\u00e5\u00071\u0002\u0002\u00e5\u00e6\u00071\u0002\u0002\u00e6\u00ea\u0003\u0002\u0002\u0002\u00e7\u00e9\n\u0002\u0002\u0002\u00e8\u00e7\u0003\u0002\u0002\u0002\u00e9\u00ec\u0003\u0002\u0002\u0002\u00ea\u00e8\u0003\u0002\u0002\u0002\u00ea\u00eb\u0003\u0002\u0002\u0002\u00eb\u00ed\u0003\u0002\u0002\u0002\u00ec\u00ea\u0003\u0002\u0002\u0002\u00ed\u00ee\u0005S*\u0002\u00ee\u00ef\b-\u0003\u0002\u00efZ\u0003\u0002\u0002\u0002\u00f0\u00f4\u0007%\u0002\u0002\u00f1\u00f3\n\u0002\u0002\u0002\u00f2\u00f1\u0003\u0002\u0002\u0002\u00f3\u00f6\u0003\u0002\u0002\u0002\u00f4\u00f2\u0003\u0002\u0002\u0002\u00f4\u00f5\u0003\u0002\u0002\u0002\u00f5\u00f7\u0003\u0002\u0002\u0002\u00f6\u00f4\u0003\u0002\u0002\u0002\u00f7\u00f8\u0005S*\u0002\u00f8\u00f9\b.\u0004\u0002\u00f9\\\u0003\u0002\u0002\u0002\u00fa\u00fb\u0007v\u0002\u0002\u00fb\u00fc\u0007t\u0002\u0002\u00fc\u00fd\u0007w\u0002\u0002\u00fd\u0104\u0007g\u0002\u0002\u00fe\u00ff\u0007h\u0002\u0002\u00ff\u0100\u0007c\u0002\u0002\u0100\u0101\u0007n\u0002\u0002\u0101\u0102\u0007u\u0002\u0002\u0102\u0104\u0007g\u0002\u0002\u0103\u00fa\u0003\u0002\u0002\u0002\u0103\u00fe\u0003\u0002\u0002\u0002\u0104^\u0003\u0002\u0002\u0002\u0105\u0106\u0005K&\u0002\u0106`\u0003\u0002\u0002\u0002\u0107\u010a\u0005K&\u0002\u0108\u0109\u00070\u0002\u0002\u0109\u010b\u0005K&\u0002\u010a\u0108\u0003\u0002\u0002\u0002\u010a\u010b\u0003\u0002\u0002\u0002\u010b\u0111\u0003\u0002\u0002\u0002\u010c\u010e\t\u0004\u0002\u0002\u010d\u010f\t\u0005\u0002\u0002\u010e\u010d\u0003\u0002\u0002\u0002\u010e\u010f\u0003\u0002\u0002\u0002\u010f\u0110\u0003\u0002\u0002\u0002\u0110\u0112\u0005K&\u0002\u0111\u010c\u0003\u0002\u0002\u0002\u0111\u0112\u0003\u0002\u0002\u0002\u0112\u011a\u0003\u0002\u0002\u0002\u0113\u0114\u0007P\u0002\u0002\u0114\u0115\u0007c\u0002\u0002\u0115\u011a\u0007P\u0002\u0002\u0116\u0117\u0007P\u0002\u0002\u0117\u0118\u0007C\u0002\u0002\u0118\u011a\u0007P\u0002\u0002\u0119\u0107\u0003\u0002\u0002\u0002\u0119\u0113\u0003\u0002\u0002\u0002\u0119\u0116\u0003\u0002\u0002\u0002\u011ab\u0003\u0002\u0002\u0002\u011b\u011f\u0007)\u0002\u0002\u011c\u011e\n\u0006\u0002\u0002\u011d\u011c\u0003\u0002\u0002\u0002\u011e\u0121\u0003\u0002\u0002\u0002\u011f\u011d\u0003\u0002\u0002\u0002\u011f\u0120\u0003\u0002\u0002\u0002\u0120\u0122\u0003\u0002\u0002\u0002\u0121\u011f\u0003\u0002\u0002\u0002\u0122\u0123\u0007)\u0002\u0002\u0123\u0124\b2\u0005\u0002\u0124d\u0003\u0002\u0002\u0002\u0125\u0128\u0005U+\u0002\u0126\u0128\t\u0007\u0002\u0002\u0127\u0125\u0003\u0002\u0002\u0002\u0127\u0126\u0003\u0002\u0002\u0002\u0128\u0129\u0003\u0002\u0002\u0002\u0129\u0127\u0003\u0002\u0002\u0002\u0129\u012a\u0003\u0002\u0002\u0002\u012af\u0003\u0002\u0002\u0002\u0012\u0002\u00ca\u00ce\u00d7\u00db\u00e0\u00ea\u00f4\u0103\u010a\u010e\u0111\u0119\u011f\u0127\u0129\u0006\u0003,\u0002\u0003-\u0003\u0003.\u0004\u00032\u0005"

  public static final int

  BOOL_LITERAL

  39

  public static final int

  COMMENT_HASH

  38

  public static final int

  COMMENT_SL

  37

  public static final int

  FLOAT_LITERAL

  41

  public static final int

  ID

  43

  public static final int

  INT_LITERAL

  40

  public static final int

  STRING_LITERAL

  42

  public static final int

  T__0

  1

  public static final int

  T__1

  2

  public static final int

  T__10

  11

  public static final int

  T__11

  12

  public static final int

  T__12

  13

  public static final int

  T__13

  14

  public static final int

  T__14

  15

  public static final int

  T__15

  16

  public static final int

  T__16

  17

  public static final int

  T__17

  18

  public static final int

  T__18

  19

  public static final int

  T__19

  20

  public static final int

  T__2

  3

  public static final int

  T__20

  21

  public static final int

  T__21

  22

  public static final int

  T__22

  23

  public static final int

  T__23

  24

  public static final int

  T__24

  25

  public static final int

  T__25

  26

  public static final int

  T__26

  27

  public static final int

  T__27

  28

  public static final int

  T__28

  29

  public static final int

  T__29

  30

  public static final int

  T__3

  4

  public static final int

  T__30

  31

  public static final int

  T__31

  32

  public static final int

  T__32

  33

  public static final int

  T__33

  34

  public static final int

  T__34

  35

  public static final int

  T__4

  5

  public static final int

  T__5

  6

  public static final int

  T__6

  7

  public static final int

  T__7

  8

  public static final int

  T__8

  9

  public static final int

  T__9

  10

  public static final int

  WS

  36
• org.snpsift.antlr.SnpSiftParser
  Modifier and Type

  Constant Field

  Value

  public static final String

  _serializedATN

  "\u0003\u608b\ua72a\u8133\ub9ed\u417c\u3be7\u7786\u5964\u0003-V\u0004\u0002\t\u0002\u0004\u0003\t\u0003\u0003\u0002\u0003\u0002\u0003\u0002\u0003\u0003\u0003\u0003\u0003\u0003\u0003\u0003\u0003\u0003\u0003\u0003\u0003\u0003\u0003\u0003\u0003\u0003\u0003\u0003\u0003\u0003\u0007\u0003\u0015\n\u0003\f\u0003\u000e\u0003\u0018\u000b\u0003\u0005\u0003\u001a\n\u0003\u0003\u0003\u0003\u0003\u0003\u0003\u0003\u0003\u0003\u0003\u0003\u0003\u0003\u0003\u0003\u0003\u0003\u0003\u0003\u0003\u0005\u0003&\n\u0003\u0003\u0003\u0003\u0003\u0003\u0003\u0003\u0003\u0003\u0003\u0003\u0003\u0003\u0003\u0003\u0003\u0003\u0003\u0003\u0003\u0003\u0003\u0003\u0003\u0003\u0003\u0003\u0003\u0003\u0003\u0003\u0003\u0003\u0003\u0003\u0003\u0003\u0003\u0003\u0003\u0003\u0003\u0003\u0003\u0003\u0003\u0003\u0003\u0003\u0003\u0003\u0003\u0003\u0003\u0003\u0003\u0003\u0003\u0003\u0003\u0003\u0003\u0003\u0003\u0003\u0003\u0003\u0003\u0003\u0003\u0003\u0003\u0003\u0003\u0003\u0003\u0003\u0003\u0003\u0003\u0003\u0003\u0007\u0003Q\n\u0003\f\u0003\u000e\u0003T\u000b\u0003\u0003\u0003\u0002\u0003\u0004\u0004\u0002\u0004\u0002\t\u0003\u0002\u0003\u0006\u0004\u0002\u000f\u0010\u001b\u001b\u0003\u0002!\"\u0004\u0002\u0004\u0004\r\u000e\u0003\u0002\u000f\u0010\u0003\u0002\u0011\u001a\u0003\u0002\u001c \u0002g\u0002\u0006\u0003\u0002\u0002\u0002\u0004%\u0003\u0002\u0002\u0002\u0006\u0007\u0005\u0004\u0003\u0002\u0007\b\u0007\u0002\u0002\u0003\b\u0003\u0003\u0002\u0002\u0002\t\n\b\u0003\u0001\u0002\n&\u0007)\u0002\u0002\u000b&\u0007*\u0002\u0002\f&\u0007+\u0002\u0002\r&\u0007,\u0002\u0002\u000e&\t\u0002\u0002\u0002\u000f\u0010\u0007-\u0002\u0002\u0010\u0019\u0007\u0007\u0002\u0002\u0011\u0016\u0005\u0004\u0003\u0002\u0012\u0013\u0007\b\u0002\u0002\u0013\u0015\u0005\u0004\u0003\u0002\u0014\u0012\u0003\u0002\u0002\u0002\u0015\u0018\u0003\u0002\u0002\u0002\u0016\u0014\u0003\u0002\u0002\u0002\u0016\u0017\u0003\u0002\u0002\u0002\u0017\u001a\u0003\u0002\u0002\u0002\u0018\u0016\u0003\u0002\u0002\u0002\u0019\u0011\u0003\u0002\u0002\u0002\u0019\u001a\u0003\u0002\u0002\u0002\u001a\u001b\u0003\u0002\u0002\u0002\u001b&\u0007\t\u0002\u0002\u001c&\u0007-\u0002\u0002\u001d\u001e\t\u0003\u0002\u0002\u001e&\u0005\u0004\u0003\b\u001f \t\u0004\u0002\u0002 &\u0005\u0004\u0003\u0006!\"\u0007\u0007\u0002\u0002\"#\u0005\u0004\u0003\u0002#$\u0007\t\u0002\u0002$&\u0003\u0002\u0002\u0002%\t\u0003\u0002\u0002\u0002%\u000b\u0003\u0002\u0002\u0002%\f\u0003\u0002\u0002\u0002%\r\u0003\u0002\u0002\u0002%\u000e\u0003\u0002\u0002\u0002%\u000f\u0003\u0002\u0002\u0002%\u001c\u0003\u0002\u0002\u0002%\u001d\u0003\u0002\u0002\u0002%\u001f\u0003\u0002\u0002\u0002%!\u0003\u0002\u0002\u0002&R\u0003\u0002\u0002\u0002\'(\f\r\u0002\u0002()\u0007\n\u0002\u0002)*\u0005\u0004\u0003\u0002*+\u0007\f\u0002\u0002+,\u0005\u0004\u0003\u000e,Q\u0003\u0002\u0002\u0002-.\f\f\u0002\u0002./\u0007\n\u0002\u0002/0\t\u0002\u0002\u000201\u0007\f\u0002\u00021Q\u0005\u0004\u0003\r23\f\u000b\u0002\u000234\t\u0005\u0002\u00024Q\u0005\u0004\u0003\f56\f\n\u0002\u000267\t\u0006\u0002\u00027Q\u0005\u0004\u0003\u000b89\f\t\u0002\u00029:\t\u0007\u0002\u0002:Q\u0005\u0004\u0003\n;<\f\u0007\u0002\u0002<=\t\b\u0002\u0002=Q\u0005\u0004\u0003\b>?\f\u0003\u0002\u0002?@\u0007\u0006\u0002\u0002@A\u0005\u0004\u0003\u0002AB\u0007%\u0002\u0002BC\u0005\u0004\u0003\u0004CQ\u0003\u0002\u0002\u0002DE\f\u000e\u0002\u0002EF\u0007\n\u0002\u0002FG\u0005\u0004\u0003\u0002GH\u0007\u000b\u0002\u0002HQ\u0003\u0002\u0002\u0002IJ\f\u0005\u0002\u0002JK\u0007#\u0002\u0002KL\u0007$\u0002\u0002LM\u0007\n\u0002\u0002MN\u0005\u0004\u0003\u0002NO\u0007\u000b\u0002\u0002OQ\u0003\u0002\u0002\u0002P\'\u0003\u0002\u0002\u0002P-\u0003\u0002\u0002\u0002P2\u0003\u0002\u0002\u0002P5\u0003\u0002\u0002\u0002P8\u0003\u0002\u0002\u0002P;\u0003\u0002\u0002\u0002P>\u0003\u0002\u0002\u0002PD\u0003\u0002\u0002\u0002PI\u0003\u0002\u0002\u0002QT\u0003\u0002\u0002\u0002RP\u0003\u0002\u0002\u0002RS\u0003\u0002\u0002\u0002S\u0005\u0003\u0002\u0002\u0002TR\u0003\u0002\u0002\u0002\u0007\u0016\u0019%PR"

  public static final int

  BOOL_LITERAL

  39

  public static final int

  COMMENT_HASH

  38

  public static final int

  COMMENT_SL

  37

  public static final int

  FLOAT_LITERAL

  41

  public static final int

  ID

  43

  public static final int

  INT_LITERAL

  40

  public static final int

  RULE_compilationUnit

  0

  public static final int

  RULE_expression

  1

  public static final int

  STRING_LITERAL

  42

  public static final int

  T__0

  1

  public static final int

  T__1

  2

  public static final int

  T__10

  11

  public static final int

  T__11

  12

  public static final int

  T__12

  13

  public static final int

  T__13

  14

  public static final int

  T__14

  15

  public static final int

  T__15

  16

  public static final int

  T__16

  17

  public static final int

  T__17

  18

  public static final int

  T__18

  19

  public static final int

  T__19

  20

  public static final int

  T__2

  3

  public static final int

  T__20

  21

  public static final int

  T__21

  22

  public static final int

  T__22

  23

  public static final int

  T__23

  24

  public static final int

  T__24

  25

  public static final int

  T__25

  26

  public static final int

  T__26

  27

  public static final int

  T__27

  28

  public static final int

  T__28

  29

  public static final int

  T__29

  30

  public static final int

  T__3

  4

  public static final int

  T__30

  31

  public static final int

  T__31

  32

  public static final int

  T__32

  33

  public static final int

  T__33

  34

  public static final int

  T__34

  35

  public static final int

  T__4

  5

  public static final int

  T__5

  6

  public static final int

  T__6

  7

  public static final int

  T__7

  8

  public static final int

  T__8

  9

  public static final int

  T__9

  10

  public static final int

  WS

  36

• org.snpsift.fileIterator.DbNsfp
  Modifier and Type

  Constant Field

  Value

  public static final String

  ALT_NAME

  "alt"

  public static final String

  COLUMN_CHR_NAME

  "chr"

  public static final String

  COLUMN_POS_NAME_v2

  "pos(1-coor)"

  public static final String

  COLUMN_POS_NAME_v3

  "pos(1-based)"

  public static final String

  COLUMN_SEPARATOR

  "\t"

  public static final String

  DATA_TYPES_CACHE_EXT

  ".data_types"

  public static final int

  DATA_TYPES_MAX_LINES

  100000

  public static final int

  DATA_TYPES_MIN_LINES

  10000

  public static final String

  HEADER_PREFIX

  "#"

  public static final String

  REF_NAME

  "ref"

  public static final String

  SUBFIELD_SEPARATOR

  ";"

  public static final String

  SUBFIELD_SEPARATOR_2

  ","

  public static final char

  SUBFIELD_SEPARATOR_CHAR

  ';'

  public static final char

  SUBFIELD_SEPARATOR_CHAR_2

  ','

• org.snpsift.hwe.SnpSiftCmdHwe
  Modifier and Type

  Constant Field

  Value

  public static final int

  SHOW_EVERY

  1000

• org.snpsift.lang.expression.Field
  Modifier and Type

  Constant Field

  Value

  public static final int

  TYPE_ALL

  -2

  public static final int

  TYPE_ANY

  -1
• org.snpsift.lang.expression.Has
  Modifier and Type

  Constant Field

  Value

  public static final String

  SPLIT_REGEX

  "[\\&\\+\\|,;:\\(\\)\\[\\]]"

• org.snpsift.util.RandomUtil
  Modifier and Type

  Constant Field

  Value

  public static final int

  SHORT_VARIANT_LEN

  5
• org.snpsift.util.ShowProgress
  Modifier and Type

  Constant Field

  Value

  public static final int

  SHOW_EVERY

  10000

  public static final int

  SHOW_EVERY_LINE

  1000000