Constant Field Values (SnpSift 5.1 API)

org.snpsift.*

org.snpsift.SnpSift
Modifier and Type	Constant Field	Value
`public static final java.lang.String`	`BUILD`	`"2022-02-24 06:09"`
`public static final java.lang.String`	`REVISION`	`""`
`public static final java.lang.String`	`SOFTWARE_NAME`	`"SnpSift"`
`public static final java.lang.String`	`VERSION`	`"5.1 (build 2022-02-24 06:09), by Pablo Cingolani"`
`public static final java.lang.String`	`VERSION_MAJOR`	`"5.1"`
`public static final java.lang.String`	`VERSION_NO_NAME`	`"SnpSift 5.1 (build 2022-02-24 06:09), by Pablo Cingolani"`
`public static final java.lang.String`	`VERSION_SHORT`	`"5.1"`

org.snpsift.SnpSiftCmdAnnotate
Modifier and Type Constant Field Value

public static final int SHOW 100

org.snpsift.SnpSiftCmdAnnotate
Modifier and Type	Constant Field	Value
`public static final int`	`SHOW`	`100`

org.snpsift.SnpSiftCmdCaseControl
Modifier and Type	Constant Field	Value
`public static final int`	`SHOW_EVERY`	`100`
`public static final java.lang.String`	`VCF_INFO_CASE`	`"Cases"`
`public static final java.lang.String`	`VCF_INFO_CC_ALL`	`"CC_ALL"`
`public static final java.lang.String`	`VCF_INFO_CC_DOM`	`"CC_DOM"`
`public static final java.lang.String`	`VCF_INFO_CC_GENO`	`"CC_GENO"`
`public static final java.lang.String`	`VCF_INFO_CC_REC`	`"CC_REC"`
`public static final java.lang.String`	`VCF_INFO_CC_TREND`	`"CC_TREND"`
`public static final java.lang.String`	`VCF_INFO_CONTROL`	`"Controls"`

org.snpsift.SnpSiftCmdConcordance
Modifier and Type	Constant Field	Value
`public static final java.lang.String`	`MISSING_ENTRY`	`"MISSING_ENTRY"`
`public static final java.lang.String`	`MISSING_GENOTYPE`	`"MISSING_GT"`
`public static final java.lang.String`	`SEP`	`"_"`
`public static final java.lang.String`	`SEP_GT`	`"/"`
`public static final int`	`SHOW_EVERY`	`10000`

org.snpsift.SnpSiftCmdDbNsfp
Modifier and Type	Constant Field	Value
`public final java.lang.String`	`CONFIG_DBNSFP_DB_NAME`	`"dbnsfp"`
`public static final java.lang.String`	`DBNSFP_VCF_INFO_PREFIX`	`"dbNSFP_"`
`public static final java.lang.String`	`DEFAULT_FIELDS_NAMES_TO_ADD`	"Uniprot_acc,Interpro_domain,SIFT_pred,Polyphen2_HDIV_pred,Polyphen2_HVAR_pred,LRT_pred,MutationTaster_pred,GERP++_NR,GERP++_RS,phastCons100way_vertebrate,1000Gp1_AF,1000Gp1_AFR_AF,1000Gp1_EUR_AF,1000Gp1_AMR_AF,1000Gp1_ASN_AF,ESP6500_AA_AF,ESP6500_EA_AF,MutationTaster_pred,MutationAssessor_pred,FATHMM_pred,PROVEAN_pred,CADD_phred,MetaSVM_pred,1000Gp3_AC,1000Gp3_AF,1000Gp3_AFR_AC,1000Gp3_AFR_AF,1000Gp3_EUR_AC,1000Gp3_EUR_AF,1000Gp3_AMR_AC,1000Gp3_AMR_AF,1000Gp3_EAS_AC,1000Gp3_EAS_AF,1000Gp3_SAS_AC,1000Gp3_SAS_AF,ESP6500_AA_AC,ESP6500_AA_AF,ESP6500_EA_AC,ESP6500_EA_AF,ExAC_AC,ExAC_AF,ExAC_Adj_AC,ExAC_Adj_AF,ExAC_AFR_AC,ExAC_AFR_AF,ExAC_AMR_AC,ExAC_AMR_AF,ExAC_EAS_AC,ExAC_EAS_AF,ExAC_FIN_AC,ExAC_FIN_AF,ExAC_NFE_AC,ExAC_NFE_AF,ExAC_SAS_AC,ExAC_SAS_AF"
`public static final int`	`MIN_JUMP`	`100`
`public static final int`	`SHOW_EVERY`	`100`

org.snpsift.SnpSiftCmdExtractFields
Modifier and Type Constant Field Value

public static final int SHOW 10000
org.snpsift.SnpSiftCmdFilter
Modifier and Type Constant Field Value

public static final java.lang.String VCF_INFO_FILTER_DELETED "FILTER_DELETED"

org.snpsift.SnpSiftCmdFilter
Modifier and Type	Constant Field	Value
`public static final java.lang.String`	`VCF_INFO_FILTER_DELETED`	`"FILTER_DELETED"`

org.snpsift.SnpSiftCmdGeneSets
Modifier and Type	Constant Field	Value
`public static final java.lang.String`	`INFO_GENE_SETS`	`"MSigDb"`
`public static final int`	`SHOW`	`10000`
`public static final int`	`SHOW_LINES`	`1000000`

org.snpsift.SnpSiftCmdGwasCatalog
Modifier and Type	Constant Field	Value
`public final java.lang.String`	`CONFIG_GWAS_DB_NAME`	`"gwascatalog"`
`public final java.lang.String`	`GWAS_CATALOG`	`"GWASCAT"`
`public static final int`	`SHOW`	`10000`
`public static final int`	`SHOW_LINES`	`1000000`

org.snpsift.SnpSiftCmdPhastCons
Modifier and Type	Constant Field	Value
`public static final java.lang.String`	`FIXED_STEP_FIELD`	`"fixedStep"`
`public static final int`	`SHOW_EVERY`	`1000`
`public static final java.lang.String`	`START_FIELD`	`"start="`
`public static final java.lang.String`	`VCF_INFO_PHASTCONS_FIELD`	`"PhastCons"`

org.snpsift.SnpSiftCmdRemoveReferenceGenotypes
Modifier and Type Constant Field Value

public static final int SHOW_EVERY 1000

public static final int SHOW_EVERY_NL 100000
org.snpsift.SnpSiftCmdSort
Modifier and Type Constant Field Value

public static final int SHOW 1000

public static final int SHOW_LINES 100000
org.snpsift.SnpSiftCmdSplit
Modifier and Type Constant Field Value

public static final int SHOW 1000

public static final int SHOW_LINES 100000
org.snpsift.SnpSiftCmdTsTv
Modifier and Type Constant Field Value

public static final int SHOW_EVERY 1

public static final int SHOW_EVERY_NL 100

org.snpsift.SnpSiftCmdRemoveReferenceGenotypes
Modifier and Type	Constant Field	Value
`public static final int`	`SHOW_EVERY`	`1000`
`public static final int`	`SHOW_EVERY_NL`	`100000`

org.snpsift.SnpSiftCmdSort
Modifier and Type	Constant Field	Value
`public static final int`	`SHOW`	`1000`
`public static final int`	`SHOW_LINES`	`100000`

org.snpsift.SnpSiftCmdSplit
Modifier and Type	Constant Field	Value
`public static final int`	`SHOW`	`1000`
`public static final int`	`SHOW_LINES`	`100000`

org.snpsift.SnpSiftCmdTsTv
Modifier and Type	Constant Field	Value
`public static final int`	`SHOW_EVERY`	`1`
`public static final int`	`SHOW_EVERY_NL`	`100`

org.snpsift.SnpSiftCmdVarType
Modifier and Type	Constant Field	Value
`public static final int`	`SHOW`	`10000`
`public static final int`	`SHOW_LINES`	`1000000`
`public static final java.lang.String`	`VARTYPE`	`"VARTYPE"`

org.snpsift.annotate.AnnotateVcfDb
Modifier and Type Constant Field Value

public static final int MAX_ERRORS 10
org.snpsift.annotate.DbVcfMem
Modifier and Type Constant Field Value

public static final int SHOW 10000

public static final int SHOW_LINES 1000000
org.snpsift.annotate.VcfIndex
Modifier and Type Constant Field Value

public static final java.lang.String INDEX_EXT "sidx"
org.snpsift.annotate.VcfIndexDataChromo
Modifier and Type Constant Field Value

public static final int INITIAL_CAPACITY 1024

org.snpsift.annotate.AnnotateVcfDb
Modifier and Type	Constant Field	Value
`public static final int`	`MAX_ERRORS`	`10`

org.snpsift.annotate.VcfIndex
Modifier and Type	Constant Field	Value
`public static final java.lang.String`	`INDEX_EXT`	`"sidx"`

org.snpsift.annotate.VcfIndexDataChromo
Modifier and Type	Constant Field	Value
`public static final int`	`INITIAL_CAPACITY`	`1024`

org.snpsift.annotate.VcfIndexTree
Modifier and Type	Constant Field	Value
`public static final int`	`COLLAPSE_MAX_NUM_ENTRIES`	`4`
`public static final int`	`DEFAULT_MAX_BLOCK_SIZE`	`16384`
`public static final int`	`INITIAL_CAPACITY`	`1024`
`public static final int`	`MAX_DIFF_COLLAPSE`	`2`

org.snpsift.antlr.SnpSiftLexer
Modifier and Type	Constant Field	Value
`public static final java.lang.String`	`_serializedATN`	"\u0003\u608b\ua72a\u8133\ub9ed\u417c\u3be7\u7786\u5964\u0002-\u012b\b\u0001\u0004\u0002\t\u0002\u0004\u0003\t\u0003\u0004\u0004\t\u0004\u0004\u0005\t\u0005\u0004\u0006\t\u0006\u0004\u0007\t\u0007\u0004\b\t\b\u0004\t\t\t\u0004\n\t\n\u0004\u000b\t\u000b\u0004\f\t\f\u0004\r\t\r\u0004\u000e\t\u000e\u0004\u000f\t\u000f\u0004\u0010\t\u0010\u0004\u0011\t\u0011\u0004\u0012\t\u0012\u0004\u0013\t\u0013\u0004\u0014\t\u0014\u0004\u0015\t\u0015\u0004\u0016\t\u0016\u0004\u0017\t\u0017\u0004\u0018\t\u0018\u0004\u0019\t\u0019\u0004\u001a\t\u001a\u0004\u001b\t\u001b\u0004\u001c\t\u001c\u0004\u001d\t\u001d\u0004\u001e\t\u001e\u0004\u001f\t\u001f\u0004 \t \u0004!\t!\u0004\"\t\"\u0004#\t#\u0004$\t$\u0004%\t%\u0004&\t&\u0004\'\t\'\u0004(\t(\u0004)\t)\u0004\t\u0004+\t+\u0004,\t,\u0004-\t-\u0004.\t.\u0004/\t/\u00040\t0\u00041\t1\u00042\t2\u00043\t3\u0003\u0002\u0003\u0002\u0003\u0002\u0003\u0002\u0003\u0003\u0003\u0003\u0003\u0004\u0003\u0004\u0003\u0004\u0003\u0004\u0003\u0005\u0003\u0005\u0003\u0006\u0003\u0006\u0003\u0007\u0003\u0007\u0003\b\u0003\b\u0003\t\u0003\t\u0003\n\u0003\n\u0003\u000b\u0003\u000b\u0003\u000b\u0003\f\u0003\f\u0003\r\u0003\r\u0003\u000e\u0003\u000e\u0003\u000f\u0003\u000f\u0003\u0010\u0003\u0010\u0003\u0011\u0003\u0011\u0003\u0011\u0003\u0012\u0003\u0012\u0003\u0012\u0003\u0013\u0003\u0013\u0003\u0014\u0003\u0014\u0003\u0014\u0003\u0015\u0003\u0015\u0003\u0016\u0003\u0016\u0003\u0016\u0003\u0017\u0003\u0017\u0003\u0017\u0003\u0018\u0003\u0018\u0003\u0018\u0003\u0019\u0003\u0019\u0003\u0019\u0003\u0019\u0003\u001a\u0003\u001a\u0003\u001b\u0003\u001b\u0003\u001c\u0003\u001c\u0003\u001c\u0003\u001d\u0003\u001d\u0003\u001e\u0003\u001e\u0003\u001e\u0003\u001f\u0003\u001f\u0003 \u0003 \u0003 \u0003 \u0003 \u0003 \u0003 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org.snpsift.fileIterator.DbNsfp
Modifier and Type	Constant Field	Value
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org.snpsift.hwe.SnpSiftCmdHwe
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public static final int SHOW_EVERY 1000

org.snpsift.hwe.SnpSiftCmdHwe
Modifier and Type	Constant Field	Value
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org.snpsift.lang.expression.Field
Modifier and Type Constant Field Value

public static final int TYPE_ALL -2

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org.snpsift.lang.expression.Field
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org.snpsift.testCases.unit.TestCasesFilter
Modifier and Type Constant Field Value

public static final int STDOUT_BUFFER_SIZE 10485760

Constant Field Values

Contents

org.snpsift.*